根据2020年4月学校官网显示，东南大学下设34个院系、83个本科专业。

院系设置

院系专业

东南大学建筑学院

建筑学、城乡规划、风景园林

东南大学机械工程学院

机械制造、机械电子、机械设计、工业工程、工业设计、车辆工程

东南大学能源与环境学院

热能与动力工程、建筑环境与设备工程、环境工程、核工程与核技术

东南大学信息科学与工程学院

通信与信息系统、信号与信息处理、电路与系统、电磁场与微波技术

东南大学土木工程学院

土木工程、工程管理、工程、智能建造、工程力学

东南大学电子科学与工程学院

电子科学与技术

东南大学数学学院

数学与应用数学、信息与计算科学、统计学

东南大学自动化学院

自动化、机器人工程

东南大学计算机科学与工程学院

计算机科学与技术

东南大学软件学院

软件工程

东南大学人工智能学院

人工智能

东南大学物理学院

物理学、应用物理学

东南大学生物科学与医学工程学院

生物医学工程、生物信息学、生物医学工程（本硕连读）

东南大学材料科学与工程学院

金属材料、土木工程材料、电子信息材料、材料加工

东南大学人文学院

政治学与行政学、汉语言文学、旅游管理、社会学、哲学

东南大学经济管理学院

管理学类（信息管理与信息系统、工商管理、会计学、电子商务、物流管理）、经济学类（国际经济与贸易、金融学、经济学、金融工程）

东南大学电气工程学院

电气工程及其自动化

东南大学外国语学院

英语、日语

东南大学化学化工学院

化学工程与工艺、制药工程、化学

东南大学交通学院

交通工程、交通运输、道路桥梁与渡河工程、城市地下空间工程、测绘工程、港口航道与海岸工程

东南大学仪器科学与工程学院

测控技术与仪器、智能感知工程

东南大学艺术学院

产品设计、美术学、动画

东南大学法学院

法学、工程法

东南大学医学院

临床医学、医学检验

东南大学公共卫生学院

预防医学、劳动与社会保障（医疗保险方向）

东南大学网络空间安全学院

网络空间安全

东南大学吴健雄学院

工科试验班（吴健雄班，含东南大学四年制理工科类全部专业）

东南大学生命科学与技术学院

生物科学、生物工程